Selamat pagi pembaca, semangat belajar yah, khususnya yang lagi diliburkan akibat penyebaran virus Corona (COVID-19) ini. Kali ini kita akan belajar lebih jauh tentang virus, sebelumnya kita telah membaca tentang sejarah virus, cara pengukuran virus, bentuk dan ukuran virus, dan akhirnya pada kesempatan ini kita pelajari tentang struktur tubuh virus.
Tentu saja dalam memplajari struktur tubuh virus, kita mengetahui dua hal, yaitu struktur umum dan juga struktur khusus. Struktur umum, sesuai namanya, adalah bagian tubuh virus yang dapat ditemukan pada semua jenis virus. Sedangkan struktur khusus adalah bagian tubuh yang hanya dapat ditemukan pada virus tertentu saja.
Struktur Umum Virus
Seperti yang telah saya sebutkan pada bentuk dan ukuran tubuh virus, ketika virus dalam bentuk lengkapnya disebut virion. Virion ini, selain berukuran amat sangat kecil, juga merupakan parasit obligat intraseluler. Itu artinya virus hanya dapat bereproduksi ketika berada dalam sel hidup.
Ada dua bagian dalam struktur umum virus yaitu:
- Kapsid
- Asam Nukleat
Kedua unit struktur virus diatas akan ada pada setiap virus yang kita ketahui, setidaknya hingga sekarang ini. Berikut penjelasan lebih jauh tentang keduanya.
Kapsid
Kapsid adalah selubung luar virus yang tersusun atas banyak subunit protein. Subunit protein tersebut dapat kita sebut dengan istilah “Kapsomer”.
Kapsid inilah yang memberikan bentuk dasar pada setiap virus yang ada. Ketika kapsid membungkus materi genetik virus atau asam nukleat disebut sebagai “nukleokapsid”.
Bentuk kapsid ini dapat beragam, mulai dari paling umum ditemukan yaitu polihedral, batang, bulat, oval hingga banyak lagi lainnya. Dapat adik adik perhatikan pada gambar dibawah ini.
Dalam sumber lain dijelaskan ada tiga bentuk umum kapsid pada virus yaitu:
- Ikosahedral
- Helikal
- Prolate
Ikosahedral merupakan bentuk kapsid yang paling umum dan paling banyak ditemui. Contohnya pada kapsid famili Adenovirus.
Sedangkan helikal, bila anda perhatikan pada gambar dibawah, merupakan bentuk batang ataupun filamen pada virus. Ketika kapsomer kapsomer tersusun helikal, maka akan terbentuk kapsid berbentuk batang ataupun filamen.
Prolate adalah struktur ikosahedral yang mengalami pemanjangan. Bentuk kapsid prolate dapat anda temukan pada bakteriofag. Perhatikan gambar bakteriofag sebagai salah satu contoh bentuk kapsid prolate.
Fungsi Kapsid
Kita masuk kebagian fungsi kapsid pada virus. Kapsid sebagai pemberi bentuk virus mempunyai tiga fungsi utama yaitu:
- Melindungi asam nukleat dari enzim pencerna (protects the nucleic acid)
- Mengandung situs khusus (special sites) untuk melekatkan diri pada sel inang (to attach to a host cell).
- Menyediakan protein (provide special protein such as enzyme) agar virion mampu menembus membran dan memasukkan asam nukleatnya ke dalam sel inang.
Asam Nukleat
Bagian kedua virus, dalam hal ini virion, yang pasti ada dalam setiap virus adalah asam nukleat atau materi genetik. Khusus untuk virus, hanya terdapat satu jenis asam nukleat dalam satu spesies virus.
Kita ketahui bahwa makhluk hidup pada dasarnya mempunyai dua materi genetik dalam tubuhnya, yaitu DNA dan RNA. Bagaimanapun bentuk dan pakingannya, akan ditemukan dua tipe materi genetik tersebut. Baik itu berbentuk butiran butiran tersebar dalam cairan selnya, ataupun berbentuk cincin, atau kromosom dan lainnya.
Nah, keunikan virus adalah hanya ada satu tipe asam nukleat tersebut yang boleh hadir dalam kapsid. Apakah itu DNA saja, atau RNA saja.
DNA Virus
DNA pada virus pun cukup unik. DNA tersebut dapat berupa untai tunggal atau ssDNA (single strand DNA) atau dapat juga berupa DNA rantai ganda atau dsDNA (double strand DNA). Bentuknya pun dapat berupa sirkular atau bisa juga linear (pita).
Daftar Virus DNA
Bangsa Caudovirales
Suku Myoviridae – Termasuk Enterobakteriafag T4
Suku Podoviridae- termasuk Enterobakteriafag T7
Suku Siphoviridae – Termasuk Enterobakteriafag λ(Enterobacteria phage λ)
Bangsa Herpesvirales
Suku Alloherpesviridae
Suku Herpesviridae – termasuk virus herpes pada manusia, virus Varicella zoster
Suku Malacoherpesviridae
Bangsa Ligamenvirales
Suku Lipothrixviridae
Suku Rudiviridae
Kelompok Suku yang belum ada Ordo
Suku Asfarviridae – termasuk virus demam babi Afrika (African swine fever)
Suku Polydnaviruses
Suku Tectiviridae
Suku Guttaviridae
Suku Bicaudaviridae
Suku Adenoviridae – Termasuk virus penyebab infeksi adenovirus terhadap manusia
Suku Pandoraviridae
Suku Baculoviridae
Suku Polyomaviridae – Termasuk virus Simian 40, Virus JC, dan virus BK.
Suku Turriviridae
Suku Mimiviridae
Suku Marseilleviridae
Suku Hytrosaviridae
Suku Clavaviridae
Suku Sphaerolipoviridae
Suku Nimaviridae
Suku Ascoviridae
Suku Nudiviridae
Suku Lavidaviridae
Suku Phycodnaviridae
Suku Corticoviridae
Suku Iridoviridae
Suku Poxviridae – Termasuk virus cacar sapi (cowpox virus) dan cacar variola (smallpox)
Suku Globuloviridae
Suku Papillomaviridae
Suku Fuselloviridae
Suku Tristromaviridae
Suku Ampullaviridae
Suku Plasmaviridae
Belum ada Genera atau genus nya.
Dinodnavirus
Salterprovirus
Rhizidiovirus
Kelompok yang belum dapat diklasifikasikan Spesiesnya.
Organic Lake virophage
Megavirus
Virophages
Ace Lake Mavirus virophage
Phaeocystis globosa virus
Abalone shriveling syndrome-associated virus
Orpheovirus IHUMI-LCC2
Kaumoebavirus
Sputnik virophage 2
Metallosphaera turreted icosahedral virus
Methanosarcina spherical virus
Yellowstone Lake virophage 5
Mollivirus sibericum virus
Phaeocystis globosa virus virophage
Cedratvirus
Yellowstone Lake virophage 6
KIs-V
Lentille virus
Dishui Lake virophage 1
Bandicoot papillomatosis carcinomatosis virus
Yellowstone Lake virophage 2
Rio Negro virophage
Guarani virophage
Pithovirus
Yellowstone Lake virophage 1
Yellowstone Lake virophage 4
Leptopilina boulardi filamentous virus
Suku Lavidaviridae
Yellowstone Lake virophage 3
Yellowstone Lake virophage 7
Zamilon virophage 2
Virus DNA rantai tunggal
Suku Bacilladnaviridae
Suku Anelloviridae
Suku Circoviridae
Suku Bidnaviridae
Suku Parvoviridae
Suku Microviridae
Suku Smacoviridae
Suku Nanoviridae
Suku Geminiviridae
Suku Genomoviridae
Suku Inoviridae
Suku Spiraviridae
Virus yang mengandung DNA diatas umumnya lebih sulit mengalami mutasi dibandingkan virus RNA.
Virus RNA
Virus RNA sendiri adalah virus yang mengandung materik genetik atau asam nukleat berupa RNA atau ribonukleid acid. RNA virus sendiri dapat hadir dalam 2 bentuk yaitu:
- RNA untai tunggal
- RNA untai ganda
RNA untai tunggal atau ssRNA adalah RNA yang hanya terdiri dari satu pita saja. RNA rantai tunggal ini kemudian dapat dibagi menjadi tiga jenis lagi yaitu (1) RNA sense negatif, (2) RNA sense positif, dan terakhir (3) RNA ambisense.
Ketiga jenis RNA untai tunggal tersebut mempunyai perbedaan yang signifikan yang dapat mempengaruhi tinggkat kemudahannya dalam menginfeksi sel inang. Sebagai contoh, virus dengan RNA untai tunggal sense positif dapat langsung “ditranslasikan” oleh sel inang tanpa harus proses lebih lanjut, sehingga mempermudah proses selanjutnya. Hal ini terjadi karena RNA untai tunggal sense positif mempunyai kesamaan dengan RNA messenger atau mRNA.
Lain halnya dengan RNA rantai tunggal sense negatif yang terlebih dahulu harus diubah menjadi bentuk sense positif dalam sel inang menggunakan RNA-dependent-RNA-Polymerase. Hal ini membuatnya lebih sulit untuk mengifeksi (secara teori).
Virus yang sekarang ini (2020) menjadi pandemik dan menyebabkan banyak kematian di penjuru dunia yaitu COVID 19 atau virus Corona adalah virus RNA rantai tunggal sense positif.
Selain COVID 19, virus RNA adalah SARS, virus Ebola, rabies, flu, influenza, Polio, measles atau campak pada bayi dan anak, hepatitis C dan E.
Dibawah ini adalah daftar virus yang termasuk kedalam kelompok virus RNA beserta pembagiannya.
Contoh virus RNA rantai ganda (dsRNA virus)
Ada 12 suku dalam kelompok Virus RNA rantai ganda (dsRNA) dan beberapa spesies yang belum dikelompokkan.
Suku Endornaviridae
Suku Megabirnaviridae
Suku Picobirnaviridae
Suku Birnaviridae
Suku Cystoviridae
Suku Chrysoviridae
Suku Partitiviridae
Suku Totiviridae
Suku Reoviridae – sebagai contoh Rotavirus
Suku Quadriviridae
Genus Botybirnavirus
Suku Hypoviridae
Suku Amalgaviridae
Virus yang belum dikelompokkan
Virus yang berkaitan dengan kuningnya Labu labuan (Cucurbit yellows associated virus)
Virus Colletotrichum camelliae filamentous 1
Virus Botrytis porri RNA 1
irus Circulifer tenellus 1
Sclerotinia sclerotiorum debilitation-associated virus
Virus Spissistilus festinus 1
Contoh virus RNA rantai tunggal positif
Ada 3 ordo/bangsa dan 34 Suku pada kelompok Virus RNA rantai tunggal positif. Sebagai tambahan ada juga beberapa spesies dan genus yang belum terklasifikasikan.
Bangsa Nidovirales
Suku Mesoniviridae
Suku Roniviridae
Suku Arteriviridae
Suku Coronaviridae – sebagai contoh Coronavirus, SARS-CoV
Bangsa Picornavirales
Genus Labyrnavirus
Suku Marnaviridae
Suku Picornaviridae – sebagai contoh Poliovirus, Rhinovirus (virus untuk flu normal), virus Hepatitis A
Suku Iflaviridae
Genus Bacillariornavirus
Genus Dicipivirus
Genus Sequiviridae
Suku Secoviridae
Suku Dicistroviridae
Species Kelp fly virus
Bangsa Tymovirales
Suku Tymoviridae
Suku Gammaflexiviridae
Suku Betaflexiviridae
Suku Alphaflexiviridae
Suku yang belum dikelompokkan
Suku Benyviridae
Suku Virgaviridae
Suku Permutotetraviridae
Suku Potyviridae
Suku Narnaviridae
Suku Sarthroviridae
Suku Carmotetraviridae
Suku Fusariviridae
Suku Alphatetraviridae
Suku Hypoviridae
Suku Togaviridae – sebagai contoh virus Rubella, Virus Ross River, Virus Sindbis, Virus Cikungunya.
Suku Closteroviridae
Suku Nodaviridae
Suku Alvernaviridae
Suku Hepeviridae
Suku Leviviridae
Suku Bromoviridae
Suku Tombusviridae
Suku Statovirus
Suku Flaviviridae – sebagai contoh virus demam kuning (yellow fever), virus West Nile, virus Hepatitis C, virus DBD (demam berdarah), virus Zika.
Suku Barnaviridae
Suku Luteoviridae – sebagai contoh virus Barley yellow dwarf
Suku Astroviridae
Suku Caliciviridae – sebagai contoh virus Norwalk
Genus yang belum dikelompokkan
Genus Blunervirus
Genus Polemovirus
Genus Sobemovirus
Genus Idaeovirus
Genus Ourmiavirus
Genus Negevirus
Genus Cilevirus
Genus Sinaivirus
Genus Higrevirus
Spesies yang belum dikelompokkan
Virus Le Blanc
Bastrovirus
Virus Osedax japonicus RNA 1
Nedicistrovirus
Niflavirus
Virus Chara australis
Secalivirus
Virus Plasmopara halstedii
Virus Solenopsis invicta 3
Virus Blackford
Hepelivirus
Virus Jingmen tick
Wuhan large pig roundworm virus
Rosellinia necatrix fusarivirus 1
Cadicistrovirus
Acyrthosiphon pisum virus
Extra small virus
Blueberry necrotic ring blotch virus
Virus Orsay
Virus Nesidiocoris tenuis 1
Virus Santeuil
Virus Nylanderia fulva 1
Virus klorosis Goji berry
Picalivirus
Virus satelit
Genus Virtovirus Genus Papanivirus
Chronic bee paralysis virus
Genus Aumaivirus
Suku Sarthroviridae
Genus Albetovirus
Virus RNA tunggal negatif
Hingga saat ini, ditemukan 6 kelas, 7 ordo/bangsa, dan 24 Suku dalam kelompok virus RNA tunggal sense negatif. Ada juga beberapa spesies dan genus yang belum terklasifikasikan.
Filum Negarnaviricota
Subfilum Haploviricotina
Kelas Milneviricetes
Bangsa Serpentovirales
Suku Aspiviridae
Kelas Chunqiuviricetes
Bangsa Muvirales
Suku Qinviridae
Kelas Monjiviricetes
Bangsa Jingchuvirales
Suku Chuviridae
Bangsa Mononegavirales
Suku Pneumoviridae – Sebagai contoh RSV and Metapneumovirus
Genus Arlivirus
Suku Sunviridae
Suku Nyamiviridae
Genus Anphevirus
Suku Filoviridae – Sebagai contoh virus Ebola, virus Marburg.
Suku Paramyxoviridae – Sebagai contoh Virus Measles (campak), virus Mumps, virus Nipah, virus Hendra, NDV.
Suku Rhabdoviridae – Sebagai contoh virus Rabies
Genus Wastrivirus
Genus Crustavirus
Suku Mymonaviridae
Suku Bornaviridae – Virus penyakit Borna (Borna disease virus)
Genus Chengtivirus
Kelas Yunchangviricetes
Bangsa Goujianvirales
Suku Yueviridae
Subfilum Polyploviricotina
Kelas Ellioviricetes
Bangsa Bunyavirales
Suku Feraviridae
Suku Nairoviridae
Suku Arenaviridae – Sebagai contoh virus Lassa
Suku Cruliviridae
Suku Hantaviridae
Suku Phenuiviridae
Genus Tilapineviridae
Suku Tospoviridae
Suku Peribunyaviridae
Suku Phasmaviridae
Suku Fimoviridae
Suku Jonviridae
Kelas Insthoviricetes
Bangsa Articulavirales
Suku Amnoonviridae – Sebagai contoh virus Taastrup
Suku Orthomyxoviridae – Sebagai contoh virus Influenza
Genus yang belum dikelompokkan
Genus Deltavirus – Sebagai contoh virus Hepatitis D
Struktur Khusus Virus
Pada dasarnya hanya ada satu struktur khusus virus yaitu envelope atau sampul membran. Sampul membran atau envelope ini berada diluar kapsid yang tersusun atas lipid, karbohidrat atau glikoprotein.
Fungsi envelope atau sampul membran ini sendiri adalah sebagai pelindung yang berkaitan dengan antigen dan juga sistem imun virus.
Sampul ini sendiri diketahui tidak terbentuk karena virus, akan tetapi akibat adanya interaksi antara sel inang dan virus. Sebagai contoh, sampul membran tersebut diambil dari bagian membran sel inang atau membran sel inti inang.
Virus yang tidak mempunyai sampul membran atau envelope disebut “virus telanjang”. Contoh virus yang mempunyai selaput membran adalah virus Sindbis, virus Corona (SARS dan kawan kawannya), virus Herpes dan banyak lagi virus lainnya.
Virus HIV dan virus Influenza memanfaatkan adanya selaput membran atau envelope ini untuk mengelabui sistem pertahanan tubuh kita. Selaput membran dari virus HIV dan juga virus Influenza dikarenakan berasal dari sel inang, dalam hal ini sel manusia, maka dapat dengan mudah mengelabui pertahanan tubuh kita.
Itulah diatas penjelasan yang cukup singkat tentang struktur virus mulai dari struktur umum hingga struktur khusus tubuh virus. Semoga bermanfaat bagi kalian semua. Tetap belajar karena belajar itu mudah.
Bagi kalian tertarik belajar lebih jauh silakan baca beberapa artikel terkait dibawah ini.
